Website van Eke van Batenburg

hier

Science

Mijn hele werkzame leven heb ik onderzoek gedaan. En wel biologisch onderzoek met behulp van de computer.

Met die computer kwam ik al vroeg in aanraking (als eerste de X-1 van Philips-Electrologica), namelijk als student. Voor de huidige generatie is die computer natuurlijk een lachertje, maar in de zestiger jaren was dat heel anders. Enige details van die eerste computerjaren geef ik hier.

Op de Leidse universiteit werd ik toen vanwege mijn (toen nog zeldzame) computer expertise aangesteld als bioinformaticus bij het instituut voor theoretische biologie. Daar heb ik sindsdien veel onderzoeks projekten gedaan. Deze projekten waren uiterst gemêleerd. Meer daarover.

De laatste jaren heb ik vooral gewerkt aan RNA. Twee projekten zijn daarvan het interessantsts. Met Jan Pieter Abrahams en Sacha Gultyaev heb ik een programma ontwikkeld om te voorspellen hoe RNA op zichzelf terug zal vouwen. Zie daarvoor hier.
Het tweede projekt deed ik samen met Sacha Gultyaev, Jackie Ng en Jan Oliehoek. We ontworpen een database op internet met daarin alle gepubliceerde pseudoknopen (een speciaal soort vouwing) van RNA. Meer daarover.

(In prep.) Eerste computers

Begin zestiger jaren kwam een van de eerste nederlandse computers (de X-1 van Philips-Electrologica) op voorspraak van de toenmalige hoogleraar v.d.Klaauw op het Instituut voor Theoretische Biologie van de leidse universiteit.
Omstreeks 1965?? werd die vervangen door de IBM360/50 en geplaatst op een nieuwe lokatie, namelijk het Centraal Reken Instituut (CRI) aan de stationsweg. Die allereerst X-1 heb ik maar kort meegemaakt, maar wel lange tijd de IBM360/50 (zie plaatje).
Over die beginjaren van de computer vertel ik wat meer op de pagina computers (in prep.).

Onderzoeks projecten

Mijn interesse voor computers werd de basis voor de vele projekten die ik eerst als student en later als wetenschapper gedaan heb. Zo heb ik als student met Gerrit de Jonge en Herman Dienske de automatisering van gedragsregistratie bij de afdeling ethologie geintroduceerd. De toenmalige hoogleraar van Iersel was daar nauwelijks van gecharmeerd, maar nu zijn deze technieken standaard.
Ook zette ik in Wageningen bij prof.C.T.de Wit met zijn medewerkers J.Goudriaan en H.G.Fransz mijn eerste stapjes op het gebied van de simulatie (toentertijd van maisgewas); nu is simulatie een standaard hulpmiddel in de biologie.
Er zouden nog vele projekten volgen waarvan ik meer vertel op pagina research projects .

GoTop

RNA vouwing

RNA kan op allerlei manieren op zichzelf terug vouwen. Kijk ter illustratie daarvan maar eens naar bijgaande plaatje wat de vouwingen van een RNA string toont. We noemen dat zo'n geheel van vouwing de "struktuur" van RNA.

Er bestaan diverse programma's om de (mogelijke) struktuur te berekenen. "Mogelijk", omdat de basale thermo-energetische wetten die de grondslag vormen voor zulke strukturen wel bekend zijn, maar omdat in de praktijk allerlei andere mechanismen (zoals de dynamiek van de vouwing of de invloed van zogenaamde shaperon RNA's) dat vouwingsproces beinvloeden.

De meeste programma's kunnen een heel bijzondere struktuur-element, de pseudoknoop (zie hieronder) echter niet voorspellen. Op moment van schrijven kan dat alleen berekend worden met de programma's die ik met J.P. Abrahams en met S.Gultyaev ontwikkeld heb.
Meer daarover op de RNA pagina .

PseudoBase

Een speciaal type RNA vouwing is de pseudo-knoop. Die ziet er uit zoals rechts op het plaatje (b).

Het is eigenlijk een dubbele vouwing: na een eerste vouwing die we normaliter een "hairpin"-vouwing zouden noemen (zoals in plaatje (a)) buigt de RNA string weer terug en bindt zich met nucleotiden uit de loop van die hairpin. Zo vormt zich een 2e hairpin.

.

Door experimenteel onderzoek is het mogelijk om te bepalen waar een RNA string een pseudoknoop heeft. Zulke pseudoknopen worden met regelmaat in diverse tijdschriften gepubliceerd.

Om dat allemaal toegankelijker te maken hebben we met Sacha Gultyaev en Cees Pley een database opgezet met informatie van zulke ontdekte (en "officieel"gepubliceerde) pseudoknopen, zodat deze informatie gemakkelijk toegankelijk is via internet. Je kunt daar meer over lezen op de PseudoBase pagina .

Publikaties

Projekten met een interessant resultaat monden tenslotte uit in een publikatie. Een overzicht van mijn publikaties vind je hier .

Dit is geen erg opwindende pagina, alleen maar een overzichtje. Het is daarom misschien leuker om naar de kleine bloemlezing van projekten te gaan die ik in het begin van deze pagina heb genoemd. De link daartoe geef ik nogmaals: research projects .

©